El Papa Francisco ha llevado a cabo ciertas modificaciones en la administración de Justicia del Vaticano con el objetivo de mejorar su "funcionalidad". El Pontífice ha realizado "nuevos ajustes" en el sistema judicial que se justifican en la "multiplicación" de cuestiones que requieren "una pronta y justa definición en el ámbito procesal" y, por tanto, con la "creciente carga de trabajo" para los "órganos judiciales". La intención es simplificar los mecanismos y garantizar que "la funcionalidad del sistema" se mantenga y, si es posible, "se mejore".

El Papa ha ampliado las funciones de investigación y acusación de la Oficina del Promotor de Justicia, es decir la figura del fiscal del Vaticano. También ha validado la posibilidad de añadir un juez adjunto a la sala que ya está compuesta por tres magistrados en el caso de que uno de los miembros deba abandonar. Además, ha definido sus competencias para nombrar a un presidente adjunto del Tribunal Vaticano en el caso de que el que esté en funciones se encuentre en un año de dimisión de su cargo; y, por último, ha dado luz verde a la supresión de la presencia a tiempo completo de al menos un magistrado en la sala de enjuiciamiento.

Los magistrados que son nombrados por el Sumo Pontífice y en el ejercicio de sus funciones sólo están sujetos a la ley. Ejercen sus poderes con imparcialidad, sobre la base y dentro de los límites de las competencias establecidas por la ley." En observancia del principio de la inmutabilidad del juez y para garantizar la duración razonable del proceso, el presidente podrá designar un miembro suplente, que participará en los trabajos del colegio y podrá juzgar en los casos de impedimento o cese de funciones de un magistrado".

El Tribunal Supremo del Vaticano está compuesto por cuatro cardenales nombrados para un mandato de cinco años por el Papa, "que nombra de entre ellos al presidente, así como a dos o más jueces aplicados, nombrados para un mandato de tres años".