La baronesa Carmen Thyssen ha retirado más de 400 obras que tenía en depósito "sin regulación contractual" del museo, según una investigación del Tribunal de Cuentas a la Fundación Colección Thyssen-Bornemisza. El informe fiscaliza la gestión financiera de la fundación en 2020 y recomienda una serie de medidas para mejorar la transparencia y la regulación contractual. Además, el informe destaca la extensión de algunos préstamos de obras de la Colección Carmen Thyssen-Bornemisza, en algunos casos superando los seis meses.

Desde la Fundación Thyssen, se ha argumentado que los préstamos a terceros de la colección Carmen Thyssen no están sujetos al periodo máximo de los seis meses y que todos ellos han sido ratificados por los prestadores. Además, la fundación ha subrayado que todos los préstamos de la colección Carmen Thyssen han pasado por el estudio y la aprobación del Patronato, previa consulta a la comisión asesora.

El Tribunal de Cuentas ha recomendado a la Fundación intensificar el esfuerzo en el cumplimiento de la normativa contable y justificar la necesidad e idoneidad de los contratos. También sugieren la elaboración de una plantilla realista y la introducción de mecanismos de control sobre la cuantía del déficit dotable estimada por la Fundación en sus presupuestos iniciales por el Ministerio de Cultura.